1842年，基督(新)教传入福建，经历百年的曲折道路，福音在八闽大地上扎根，发芽，生长，并且开花结果。1949年，新中国成立后，福建教会遵循自治、自养、自传的原则，沿着爱国爱教的道路开拓前进，在20世纪50年代和80年代分别成立了福建省基督教三自爱国运动委员会和福建省基督教协会（简称“福建两会”），带领、协调全省教会稳步发展。

    福建两会下设：教会治理、神学教育、农村教会、文字出版、外事工作、妇女事工、教会自养与社会服务、反异端邪教和圣乐事工9个工作委员会和神学思想建设推进小组，与全省10个设区市两会和61个县（市、区）两会齐心协力建造教会。

   1979年中国教会恢复礼拜，福建厦门的新街堂率先重新开放后，福建教会本着圣经真理的教导，遵照教义、礼仪和传统，开展丰富多彩的教务事工，并制订了一系列的规章制度来指导、规范教会的建设和管理，确保教会健康成长。

   在上主的恩眷下，福建教会日益兴旺，得救的人数天天增加。至2012年，全省共有信徒126万人，牧师352位，传道3000多位；教堂1850座，聚会点2510多处。如今，全省同工同道同心合意，彼此配搭，沿着“治好、养好、传好”的方向继续在全省各地为福音事工打美好的胜仗，为主作美好的时代见证。

   为满足教会发展对教牧人员的需要，加强神学教育工作，1982年，省两会重新创办了福建神学院，2003年7月，神学院正式办为三年制的专科学院。至今，共培养了164位神学大专毕业生，98位中专毕业生。而全省各主要县市也相继创办了“基督教培训中心”，培养教会所需要的人才。同时，教会也不断选送学员到金陵协和神学院、华东神学院及欧美、新加坡和香港的神学院学习深造，以适应发展的需要。

   为供应信徒的灵性追求，帮助他们在真道上扎根，激发其生命的追求和见证，福建教会很重视文字出版和发行工作。自1992年至今，已先后编印出版《年历表》、《溪水旁》、《马太福音浅释》、《十字架信息》和《难忘的历程》等十几种属灵书刊，设立书刊销售部；并在全省10个设区市分设书刊代售点，供应了信徒日用的灵粮。       

    作为普世教会的一个肢体，福建教会重视并珍惜与其他国家和地区教会之间的友好往来。改革开放以来，接待来自欧、美、澳和东南亚及港澳台等20多个国家和地区的教会团体和个人的访问。同时也组团或参加全国组团出访许多国家和地区的教会和机构。通过这些友好往来，增进了与普世教会间的相互了解，建立了友谊。

    针对教会主体在基层农村和姐妹占教会多数的特点，福建教会定期组织教牧人员到基层农村举办巡迴布道、培训、培灵和退修等事工。并充分发挥女性和退休专业人士的弟兄姐妹的作用，参与各项教会事工和社会公益事业，服务众人，表彰基督的爱，以整体立场在福建各地荣神益人。